Borgarsyssel Museum ble stiftet i 1921 og ligger ved ruinen etter St. Nikolas kirke fra omkring 1115. Museet dokumenterer og formidler Østfolds kulturhistorie fra middelalderen og fram til i dag Borgarsyssel Museum har samlinger fra store deler av Østfold, og et friluftsmuseum med et 20-talls antikvariske bygninger.

Elingaard Herregård er en adelig setegård med røtter helt tilbake til middelalderen. Her ligger landets eneste museum med innblikk i den noe ukjente norske adelshistorien -fortalt gjennom minner fra familiedynastiet Huitfeldt.

Folkenborg museum ligger på et sted som har vært et knutepunkt i lokalmiljøet i uminnelige tider. Allerede på 1100-tallet var det kirke og prestegård her, og i 1204 fødte Inga fra Varteig kongssønnen Håkon Håkonsson på gården. Helt frem til 1900 var dette det administrative sentrum for folk i området.

Det unike Tøihuset i Gamlebyen var ved åpningen i 1775 landets største bygning. Denne militære lagerbygningen ble plassert der byens torg og sentrum en gang lå. Mange spennende historier og liv har utspilt seg her fra 1567 og fram til i dag, og museet er stolt av å kunne bruke stedet til å fortelle byens historie.

.

Fredrikshalds Teater fra 1838, er landets eneste bevarte barokkteater med skrått scenegulv. Det er bygget av «Det dramatiske selskap i Fredrikshald» og ble brukt av byens borgere.

I Østre kurtine på Fredriksten festning finnes Halden museum - Fredriksten hvor du kan oppleve Haldens krigshistorie og lære mer om livet på festningen.

Rød Herregård er en innholdsrik kulturperle, med over 300 års historie. Det er ingen som riktig vet når Rød herregård ble bygget, men det finnes et maleri fra slutten av 1600-tallet som viser en bygning med et tilhørende hageanlegg. Rundt år 1720 flyttet noen av Tank-familiens medlemmer fra Danmark til Norge og i 1733 kjøpte Carsten Tank den eldre Rød herregård.

Haldenvassdragets Kanalmuseum finner du i Ørje midt i hjertet av det naturskjønne Indre Østfold – og selvsagt rett ved Haldenvassdraget og slusene. Museet formidler kunnskap om det biologiske mangfold i skog og vassdrag. Her vises samspillet i vårt økologiske miljø og naturens usynlige hemmeligheter og områdets rike dyreliv presenteres. Med blikket rettet mot fremtiden ønsker museet å fremme vern av naturen, i all dens mangfold og sårbarhet.

Som en levning fra fordums tid ligger stemningsfulle og unike Kongsten Fort på en liten høyde i gangavstand fra Gamlebyen. Fortet er intakt med bygninger, kanoner, høye murer og underjordiske kasematter,.

Kystmuseet Hvaler er Østfoldmuseenes avdeling for kystkultur. Museet ligger på Nordgården Dypedal på Spjærøy.

Moss by- og industrimuseum samler, bevarer og dokumenterer Moss bys sosiale, arkitektoniske og industrielle historie, med vekt på tidsskiftene i det 20. århundre. Moss by- og industrimuseum holder til i restaurerte lokaler i Kloster og Galla møller mellom Fossen og Lille-elv. Kloster mølle er fra 1899/1900, mens Galla mølle er fra ca. 1920.