I 1916 feiret Sarpsborg by sitt 900-års jubileum, og samtidig ble Fortidsminneforeningens Sarpsborg-avdeling stiftet. Foreningens arbeid var konsentrert rundt to viktige oppgaver: Utgravning av St. Nikolas kirkeruin og opprettelsen av et museum i byen. I 1920 fikk foreningen kjøpt bygningen Snekkenes fra Rakkestad. Den ble satt opp som en museums-bygning i tilknytning til den nylig anlagte Ruinparken. Det ble tidlig bestemt at museet skulle være mer enn bare et bymuseum for Sarpsborg, noe arbeidstittelen «Østfold Fylkesmusæum» også bar preg av. Da museet ble innviet den 29. juli 1921, fikk det imidlertid, til manges forundring, navnet Borgarsyssel. Navnet stammer fra det norrøne ordet Borgarsysla som i middalderen var betegnelsen på et område som i hovedsak omfattet det vi i dag kjenner som Østfold fylke.

Etter at museet var innviet, skiftet Fortidsminneforeningens Sarpsborg-avdeling navn til Borgarsyssel Museums forening, og tannlege Ingebret Aas (1875 – 1939) ble ansatt som formann. De første årene besto museet kun av Snekkenes-bygningen og Ruinparken. I perioden fra omkring 1925 til 1980 ble det flyttet flere bygninger til museet, både fra Sarpsborg by og de omkringliggende bygdene i Østfold. Det ble også reist utstillings-bygninger på stedet, og flere av museets nabobygninger ble innlemmet i museumsområdet.

Etter hvert som museet vokste i størrelse fikk bygningene en inndeling i seks tematiske kategorier: Middelalder, embedsmannskultur, skyss-stasjoner, bondekultur, arbeiderkultur og forsvarsverk. I museets friluftsavdeling kan du i dag blant annet vandre i Olav Haraldssons fotspor, bli kjent med presten, bonden og fabrikkarbeideren, og se hvordan de levde på 17-18- og 1900-tallet. Du kan også besøke en av Norges best bevarte bunkere fra Den andre verdenskrig. Borgarsyssel Museum har i dag en omfattende samling av bygninger, gjenstander, arkiver, fotografier og lydmateriale. Museet har siden 2010 vært en del av Østfoldmuseene.