Kirkeby er en laftet tømmerbygning i to etasjer med svalgang, og er en av to fredede bygninger på museet. Huset kommer fra gården Kirkeby i Øymark, Marker kommune, og ble gjenreist på museet i 1939. Det var tidligere antatt at bygget var fra 1660 og dermed en av Østfolds eldste trebygninger, men en dendrokronologisk undersøkelse (årringdatering) i 2011 viste at husets 1. etasje er fra 1770-årene, mens 2. etasje er fra 1690-årene. Det vil si at andre etasje er eldre enn første, og ble bygd med tømmer fra en eldre bygning.

Husets antatte byggherre var sogneprest i Aremark, Anders Christensen Krog (d. 1671), som kjøpte gården Kirkeby i 1634. Da bygget fikk ny datering etter undersøkelsene i 2011, måtte også byggherren revurderes. Mest sannsynlig er det Anders Christensens oldebarn Christen Pedersen (1727-1768) og hans kone Ingeborg Rasmusdatter (ca. 1729-1801) som bygde huset i andre halvdel av 1700-tallet.

Svalgangen er kanskje det mest særegne med denne bygningen. Den er bygget i to etasjer og på to sider av bygget – på fasaden og den ene gavlveggen. Denne typen utforming finnes det svært få eksemplarer av i Norge. I tillegg ender svalgangen på gavlveggen i en liten kuriositet – en falldo i begge etasjene.

Folkene på Kirkeby var av en velstående slekt, og både bygning og interiør viser det øvre sjikt av samfunnet på denne tiden. Første etasje består av stue og kjøkken, som var den vanlige planløsningen på 1600- og 1700-tallet. På kjøkkenet er det et ildsted med bakerovn. Ved siden av ildstedet er det en toetasjes skapseng fra 1843. Her sov vanligvis tjenestefolket når de ikke sov i fjøset. Ved siden av kjøkkenet er stuen. Størrelsen på rommet, samt det flotte møblementet, understreker at dette var et hus på en velstående gård.

Fra Smålensmarken i 1952 på Borgarsyssel Museum, publikum ser teaterstykket "Den pantsatte bondedreng" av Ludvig Holberg.