Utenfor tunet, men under gårdsbruket, lå husene som var forbundet med stor brannfare. Kjona var en av disse. Borgarsyssels Kjone kommer opprinnelig fra Mysen hvor den ble oppført rundt år 1800. Bygningen ble gitt som gave til museet allerede i 1926, og huset er dermed et av de første oppsatte museumsbygningene. Kjona var vanlig i bruk på gårder på Østlandet, de ble særlig mye brukt i Akershus og Østfold.

Kjona fungerte som et tørkehus for lin og malt. Huset lå gjerne i en skråbakke og hadde ildsted i nedre del. Også kjona på Borgarsyssel er oppført i skrånende terreng. Ved å gjenoppbygge kjona på samme måten som den opprinnelig stod kunne museet få vise hvordan bygningene på gården og landskapet rundt ble tilpasset hverandre. En slik tilpasning kunne være med på å lette ulike sider av gårdsarbeidet.