Snekkenesbygningen fra Rakkestad i Østfold ble flyttet til museet i 1921. I de første årene fungerte bygningen som kontor, magasin og utstillingslokaler. Snekkenes, som ble oppført rundt 1764, er i senbarokk byggestil, selv om taket bærer preg av klassisisme. Opprinnelig sto den på sagbruket Brekke og Snekkenes i Rakkestad. Gården Snekkenes nevnes allerede i biskop Øysteins jordebok fra omkring år 1400. Sagbruket var i sin tid et av de mest betydelige i landet, og har blant annet vært eid av Bernt Anker og firmaet Thomas J. Heftye & Søn. Det var i drift helt frem til 1865.

Snekkenes representerer embetsstandens boforhold og levemåte på bygdene i Østfold på 1700-tallet. Bygget har lenge gått under tilnavnet sorenskrivergården, siden den ble eid og bebodd av to sorenskrivere på første halvdel av 1800-tallet (S. W. Manthey fra 1808 til 1815 og Christian Smith fra 1816 til 1846). Etter dette var bygningen en tid bolig for husmannsfamilier. På slutten av 1800-tallet fungerte den også som skolestue. Etter at bygningen ble flyttet til museet, ble rominnredningen og interiøret noe endret. Den store salen mot vest, som huset skolestuen, ble innredet med barokke møbler og farger slik som salen på den nye Borregaard Hovedgård kunne ha sett ut etter nybyggingen i 1702. Rommet ble kalt Werenskioldsalen, etter familien som eide Borregaard på 1700-tallet. Rommene mot øst ble etter hvert gjort om til én stor sal og kalt Empiresalen. Her var tanken å fremstille interiøret hos overklassen omkring 1800, og Hafslund Hovedgård ble brukt som forbilde. Likeledes ble ett rom innredet for å vise sorenskriverens kontor slik det kunne ha fremstått i første halvdel av 1800-tallet.

I 2019 ble det besluttet at Snekkenes skulle innredes slik det kan ha vært siste halvdel av 1700-tallet, dette som en del av museets 100-års jubileum i 2021.

Fra 1764 til 1793 var huset bebodd av løytnant Otto Nicolay Sperling (1719?-1793) og hans familie. Skiftet etter Sperling har blitt brukt som hovedkilde for å innrede og delvis rekonstruere bygningen innvendig, slik det ville ha vært i den perioden familien bodde på Snekkenes. Første del av prosjektet, som omfatter kjøkkenet, storstuen (tidligere Werenskioldsalen) og storstuekammeret (det tidligere kontoret) vil stå ferdig sommeren 2021.