Folkenborg museum drives ikke lenger av Østfoldmuseene. Stiftelsen Folkenborg museum gikk ut av det konsoliderte museet Østfoldmuseene og overtok selv driften av museet, inkludert all publikumsrettet aktivitet og formidling, samt forvaltning av bygninger og anlegg fra 1.1.2025. Østfoldmuseene overtok eierskap til og forvaltning av de kulturhistoriske samlingene, og stiftelsene samarbeider tett.
Folkenborg museum drives av Stiftelsen Folkenborg museum og ligger på et sted som har vært et knutepunkt i lokalmiljøet i uminnelige tider. Allerede på 1100-tallet var det kirke og prestegård her, og i 1204 fødte Inga fra Varteig kongssønnen Håkon Håkonsson på gården. Helt frem til 1900 var dette det administrative sentrum for folk i området.
Østfoldmuseene samarbeider med Stiftelsen Folkenborg museum og eier og forvalter den kulturhistoriske gjenstandssamlingen.