Folkenborg museum drives ikke lenger av Østfoldmuseene. Stiftelsen Folkenborg museum gikk ut av det konsoliderte museet Østfoldmuseene og overtok selv driften av museet, inkludert all publikumsrettet aktivitet og formidling, samt forvaltning av bygninger og anlegg fra 1.1.2025. Østfoldmuseene overtok eierskap til og forvaltning av de kulturhistoriske samlingene, og stiftelsene samarbeider tett.