Kystmuseet Hvaler er Østfoldmuseenes avdeling for kystkultur. Museet ligger på Nordgården Dypedal på Spjærøy. Langs kysten kunne man sjelden overleve av havet eller jorden alene. Kombinasjonen mellom jordbruk og fiske, losvirksomhet, rederivirksomhet og annen næring knyttet til sjøen var et dominerende trekk ved kystkulturen. På slutten av 1800-tallet kom stenindustrien med nytt grunnlag for næringsvirksomhet. Nordgården er et typisk kombinasjonsbruk for Hvaler. Fram til slutten av 1800-tallet ble det drevet både jordbruk og fiske, senere ble det etablert stenhoggervirksomhet her.
Foreningen Hvaler Bygdesamling ble etablert i 1971 av en gruppe ildsjeler som ønsket å redde deler av en kultur som var i ferd med å gå tapt. Foreningen var basert på frivillig aktivitet og konsentrerte sin virksomhet de første årene om innsamling av gjenstander.
Allerede i 1973 ble Nordgården Dypedal kjøpt inn og etablert som hovedsete for museet. I 1990 åpnet en permanent utstilling som har blitt vist hver sommer siden den gang. I 1991 slo foreningen seg sammen med Hvaler Historielag. Bevisstheten om den maritime kulturarven var en tanke som både lokalt og nasjonalt gjorde seg gjeldende relativt sent. Det var dermed først i 1994 at virksomheten tok navnet Kystmuseet Hvaler. Museumsdelen fikk etter hvert større selvstendighet, og for å skille denne delen fra øvrig virksomhet tok foreningen navnet Hvaler Kulturvernforening. I 1999 fikk museet sin første fast ansatte. Fra januar 2006 har Kystmuseet Hvaler vært en del av Østfoldmuseene. Fra 2007 er det 2 ansatte ved museet.
Frøkengården i Korshavn, en gammel skipperstue på Hvaler som forteller om en svunnen kystkultur. Stiftelsen Korshavn er opprettet av Hvaler Kulturvernforening /Kystmuseet Hvaler, Fredrikstad Museum, Hvaler kommune og Fortidsminneforeningen avd. Østfold med formål å ta vare på Frøkengården.