Østfoldmuseene har en egen samlingsavdeling. Denne avdelingen er navet i den helhetlige samlingsutviklingen vi jobber for. Sammen med driftsavdelingen utgjør denne avdelingen også ryggraden i arbeidet med en trygg ivaretakelse av samlingene. I hovedsak består samlingene i Østfoldmuseene av kulturhistoriske foto, - gjenstander og -bygninger, historiske privatarkiver; inkludert tegningsarkiver og kart samt immaterielle kulturminner. Å ha en sunn, helhetlig samlingsutvikling krever at museet balanserer de ulike oppgavene og behovene innenfor forvaltningsfeltet opp mot hverandre. Vi må stadig vurdere tiden vi bruker på de ulike oppgavene; som behovet for å registrere, dokumentere og publisere materiale som alt er tatt inn i samlingene, verdivurdere og avhende det som må tas ut av samlingene, samt samle inn fra vår egen samtid; i tråd med virksomhetens øvrige faglige mål.
Østfoldmuseene skal være en solid kunnskapsleverandør. Samlingsavdelingen ivaretar alle henvendelser knyttet til samlingene, og har også ansvaret for at rettighetsspørsmål knyttet til samlingene ivaretas. På vegne av Østfoldmuseene ivaretar avdelingen oppgaven som Arkivverkets fylkeskoordinerende ledd for privatarkiv og historiske foto i vår del av Viken.
Som museum har vi et ansvar for fortid, så vel som nåtid og framtid. For å kunne tilby relevant formidling til museets brukergrupper, samarbeider Samlingsavdelingen tett med de andre faggruppene i museet, samt med eksterne samarbeidspartnere i alt fra innsamling til analog og digital formidling. Avdelingen har ansvar for den tverrfaglige inntakskomiteen, og bidrar i ulike utstillings- og forskningsprosjekter ved behov.
Sammen med driftsavdelingen, har samlingsavdelingen ansvaret for trygg ivaretakelse av samlingene. Det være seg oppfølging av samlinger i de kulturhistoriske byggene eller i arbeidet med samlingene i våre mange lagre og magasiner. Avdelingen drifter blant annet to fellesmagasiner og et billedarkiv.