Museet dokumenterer og formidler kulturhistorie fra hele Østfold fra middelalderen og fram til nå. Borgarsyssel Museum har fylkesomfattende samlinger fra Østfold, og er et friluftsmuseum med et 20-talls antikvariske bygninger.
Snekkenes
Vis veiOpprinnelig var planen at museets første hus, Snekkenes, som jo i perioder av sin historie hadde fungert som Sorenskrivergård, i sin helhet skulle brukes for å belyse embetsmannskulturens historie i fylket. Det drøyde en del år før dette kunne gjennomføres helt etter planene.