Eierforum
Eierforum er et vedtekstfestet organ, etablert for å sikre informasjonsflyten mellom stifterne og Østfoldmuseenes styre. Eierforum består av 2 representanter fra hver av stifterne, 18 personer tilsammen. De er valgkomite for styret, velger revisor og fastsetter styrets godtgjørelse.

Styremedlemmer
Halstein Sjølie, styreleder
Wenche Olsen, nestleder
Sissel Utne
Hanne Egenæss Wiig
Kari Kjærheim
Rune Fredriksen
Roderick Ewart
Bjørg Holsvik

Ledergruppe
Ledergruppa består av 4 avdelingsdirektører, stabsdirektør, driftssjef og direktør. Ledergruppa møtes etter en oppsatt møteplan.

Allmøte
Allmøte avholdes 2 ganger i året. Møtene alternerer mellom avdelingene

Arbeidsmiljøutvalg(AMU)
Det er etablert et arbeidsmiljøutvalg for Østfoldmuseene bestående av åtte representanter.

Regionverneombud/Hovedvernombud
Østfoldmuseene er delt i fem verneregioner. Det er valgt regionverneombud for alle regionene samt et hovedvernombud. Østfoldmuseene har inngått avtale om bedriftshelsetjeneste med Stamina HOT.

Verneområde Borgarsyssel Museum, Moss by- og industrimuseum og Folkenborg museum
Verneombud Hege-Beate Lindemark 

Verneområde Halden Historiske Samlinger og Haldenvassdragets Kanalmuseum
Verneombud James Ronald Archer

Verneområde Fredrikstad og Kystmuseet Hvaler
Verneombud Irene Almkvist Ellefsen

Verneområde Administrasjonen, Drift, Østfold fylkes Bildearkiv og Trollull
Siw Nordgård 

Hovedvernombud
Siw Nordgård

Tillitsvalgtforum
Det er etablert et tillitsvalgtforum bestående av tillitsvalgt fra de organisasjonene som er representert i Østfoldmuseene. Forumet møtes etter behov for å drøfte relevante spørsmål og sørge for god informasjonsflyt og kunnskapsutveksling i organisasjonen.

Avdelingsvise personalmøter
Avdelingene avholder presonalmøter ved behov. Møtene ledes av avdelingsleder.