Eierforum
Eierforum er et vedtektsfestet organ, etablert for å sikre informasjonsflyten mellom stifterne og Østfoldmuseenes styre. Eierforum består av 2 representanter fra hver av stifterne, 18 personer tilsammen. De er valgkomite for styret, velger revisor og fastsetter styrets godtgjørelse.

Styremedlemmer
Wenche Olsen
Gunnel Edfeldt
Hanne Egenæss Wiig
Asbjørn Brandsrud
Jonas Markus Quale
Rolf Utgård
Morten Bjerknes
Hege-Beate Solås Lindemark

Ledergruppe
Ledergruppa består av 4 avdelingsdirektører, stabsdirektør, driftssjef og direktør. Ledergruppa møtes etter en oppsatt møteplan.

Allmøte
Allmøte avholdes 2 ganger i året. Møtene alternerer mellom avdelingene

Arbeidsmiljøutvalg(AMU)
Det er etablert et arbeidsmiljøutvalg for Østfoldmuseene bestående av åtte representanter.

Regionverneombud/Hovedvernombud
Østfoldmuseene er delt i fire verneregioner. Det er valgt regionverneombud for alle regionene samt et hovedvernombud. Østfoldmuseene har inngått avtale om bedriftshelsetjeneste med Stamina HOT.

Verneområde Moss by- og industrimuseum, Folkenborg museum og Trollull fellesmagasin
Verneombud Hege-Beate Solås Lindemark

Verneområde Borgarsyssel Museum, Administrasjonen, Drift og Østfold fylkes billedarkiv
Verneombud Siw Nordgård 

Verneområde Halden historiske Samlinger og Haldenvassdragets Kanalmuseum
Verneombud Juliane Derry

Verneområde Fredrikstad Museum og Kystmuseet Hvaler
Verneombud Morten Aabø

Hovedvernombud
Siw Nordgård

Tillitsvalgtforum
Det er etablert et tillitsvalgtforum bestående av tillitsvalgt fra de organisasjonene som er representert i Østfoldmuseene. Forumet møtes etter behov for å drøfte relevante spørsmål og sørge for god informasjonsflyt og kunnskapsutveksling i organisasjonen.

Avdelingsvise personalmøter
Avdelingene avholder personalmøter ved behov. Møtene ledes av avdelingsdirektører.